その意味するところは、日本では世界最古の土器や貝塚が発見されているように、非常に古くから人々が暮らし、独自の文明を築いていたということです。
それは他に類型のない特殊な言語である「日本語」からもいえることです。
また、同じD系統であっても、チベットや東南アジアがD1とD３系統であるのに対して、日本人のD系統はほぼ１００％がD2系統です。
もちろん、同じD系統ですから近縁であることは間違いありませんが、D2系統は世界の中で日本人にしか存在しない固有の系統です。

さらに大きな意味な持つのが、日本の近隣諸国にはY染色体D系統が存在しないこと、そして現代の日本人にも、相当に高い頻度で残っていることです。
なぜそれが大きな意味を持つのかというと、たとえばBという民族がAという民族に支配されていたとします。
すると、後世のB族の子孫の遺伝子は、母系のミトコンドリア遺伝子には大きな変化は見られないのに対して、父系のY遺伝子は圧倒的にA族の系統が多くなってしまいます。同時に、B族の言語もA族の言語になってしまうか、相当に強い影響を受けた言語に変化してしまいます。
つまり、Y染色体の遺伝子は、その民族の過去の支配者の歴史を証明するものなのです。

そこで日本人についていえることは、わたしがかつて学校で習ったように、必ずしも縄文人が渡来人に支配されたり、南北に追いやられていたわけではないということです。
それを証明するのが日本本土にも42～56％存在するY遺伝子D系統（縄文系）です。
さらに、付け加えるなら、他に類型のない特殊な言語である「日本語」の存在もそれを証明しています。

即ち、渡来人＝弥生人ではないということです。
後世の日本人が得意とするように、渡来の優れた文化を取り入れて発展したのが弥生時代であり、弥生人とは、弥生化した縄文人と、母国の言語すら捨てて日本人に同化した渡来人のことなのです。

むろん、渡来人と縄文人の戦いがなかったわけではありませんが、時に激しく戦い合いながらも、いつしか同化してしまったのが今の本土日本人の祖先です。
しかし、日本語に渡来系の影響が見られないことからすると、渡来人は日本人として吸収されてしまったというべきなのかもしれません。